In Whistleblower übernimmst du die Rolle von Waylon Park, einem Softwareingenieur, der bei Murkoff unter Vertrag steht und am Anfang von Outlast Journalisten auf der ganzen Welt – einschließlich Miles – E-Mails geschrieben hat. Während seiner Zeit in Mount Massive, in der er aufgrund der strengen Sicherheitsprotokolle nicht einmal mit seiner Frau und seinem Sohn kommunizieren durfte, entwickelte Waylon ein tiefsitzendes Misstrauen gegenüber den profitorientierten Wissenschaftlern und Ärzten, die gefährliche und unverantwortliche Experimente an ihren Patienten durchführten. Waylon identifizierte sich mit diesen armen Seelen, was seinen Ärger nur noch größer werden ließ, und ihn schließlich dazu bewegte, die dunklen Geheimnisse hinter den Kulissen von Mount Massive ans Tageslicht zu bringen.
Auch wenn Whistleblower die Geschichte erzählt, die zu den Ereignissen in Outlast führte, erstreckt sich die Handlung über das erste Spiel hinaus und deckt das letzte Kapitel in der Geschichte von Mount Massive Asylum auf.